Data la sua vicinanza all’Umbria, Cortona è ricca di memorie legate alla presenza di San Francesco d’Assisi che più volte durante la sua vita visitò Cortona. Una prima volta nel 1211 quando, incontrando il nobile cortonese Guido Vagnottelli, ricevette in dono un luogo aspro e boscoso dove fondò le Celle e una seconda volta nel 1215 quando trascorse la Pasqua celebrando messa alle Celle. Il convento delle Celle costituisce dunque uno dei primi insediamenti francescani scelti e voluti da Francesco. Presso il luogo dove ora sorgono “Le Celle”, infatti, egli trovò le vestigia del Redentore: l’acqua, segno di Cristo acqua viva; la pietra, segno di Cristo roccia su cui edificare la propria vita; una fenditura nella montagna, memoria delle piaghe del Signore Gesù, tante volte agognate da Francesco, per rivivere nel suo corpo l’amore che il Signore aveva nutrito e nutre per ogni uomo nella sua passione.
La visita guidata all’Eremo delle Celle consente di scoprire un luogo straordinario per la bellezza dell’ambiente naturale e della semplicissima architettura francescana e per la profonda spiritualità legata al messaggio di Francesco d’Assisi, essendo ancora un monastero abitato dai frati cappuccini che accolgono i pellegrini e le persone desiderose di trascorrere del tempo in un luogo mistico.

Oltre ai bellissimi dipinti e agli oggetti medievali che si conservano al suo interno appartenuti al Santo (la tonaca, un Evangelario manoscritto e il cuscino su cui morì) spicca il prezioso Reliquario della Santa Croce in avorio e filigrana d’oro donato allo stesso Frate Elia dall’Imperatore di Costantinopoli nel 1244, poi inserito in una preziosa struttura in argento e rame.